O objetivo, segundo a coluna da jornalista Vera Rosa, do jornal O Estado de S. Paulo, é dividir as acusações com base nos diferentes "núcleos" da organização criminosa, facilitando a instrução do processo e agilizando o julgamento. Embora a estratégia do Ministério Público Federal não utilize os nomes atribuídos pela Polícia Federal (PF), ela visa acelerar o trâmite do caso.

A acusação, que envolve planos para assassinar o presidente Lula (PT), o vice-presidente, Geraldo Alckmin (PSB), e o ministro do Supremo Tribunal Federal (STF) Alexandre de Moraes, está prevista para ser apresentada ao Supremo até março de 2025. Caso o cronograma seja cumprido, a possível condenação de Bolsonaro deve ocorrer ainda em 2025, antes das eleições de 2026.

No relatório final das investigações, a Polícia Federal identificou seis núcleos de atuação ligados ao golpe: Desinformação e Ataques ao Sistema Eleitoral; Incitação de Militares ao Golpe; Jurídico; Operacional de Apoio às Ações Golpistas; Inteligência Paralela; e Operações Coercitivas. Alguns dos militares indiciados, como o tenente-coronel Mauro Cid, estão ligados a múltiplos núcleos e já colaboraram com a Justiça, sendo considerados peças-chave para o esclarecimento dos fatos.

A reportagem destaca que embora haja especulações em Brasília sobre a prisão iminente de Bolsonaro, ministros do STF não consideram necessário decretar sua prisão neste momento. Eles afirmam que tal medida só seria adotada caso Bolsonaro tentasse obstruir as investigações, como fez o ex-ministro Braga Netto, atualmente preso.

O ministro da Defesa, José Múcio Monteiro, após uma reunião com Lula nesta terça-feira (17), também admitiu que a situação envolvendo militares tem gerado constrangimento, reforçando a necessidade de julgamento rápido e justo para os envolvidos. O julgamento será conduzido pela Primeira Turma do STF, conhecida como a “câmara de gás”, com o ministro Alexandre de Moraes como relator. "Nós desejamos que todos esses que estão envolvidos respondam à Justiça", afirmou Múcio.